藻类是原生生物界一类真核生物，有众多分类，对人类有利有弊。实验室藻类分析仪主要监测的是对水体危害较大的蓝藻、绿藻等藻类。实验室藻类分析仪的添置可有效开展藻类监测，提升对赤潮水华的早期预警能力，一旦发现问题及时采取措施，保障水生态环境和人民用水安全。
生物技术的采用可以直接测量待测水样中的生物组成成分和数量，如藻类浓度或者微生物含量等，也可以通过测量水中微生物的代谢产物等来获得微生物活性的信息。到目前为止，前一种方式中比较重要的新产品有藻类在线分析仪、在线流式细胞仪等;后一种方式中有在线大肠杆菌分析仪、碱性磷酸酶(ALP)法细菌总数分析仪、三磷酸腺苷(ATP)在线分析仪等。
实验室藻类分析仪是利用以叶绿素为代表的光合色素，在激发光下会发出荧光，荧光的强度和藻类中叶绿素的含量相关，进而和水中藻类总量相关;而且同一门类的藻类中的光合色素对特定波长的激发光具有相近的相应荧光光谱，因为这种特征色素的存在，不同门类藻类的荧光光谱之间具有较显著的差异，根据藻类各自的特征光谱及其强度，可以对藻类进行分类及对不同门类藻的浓度进行定量检测。
